Primer DNA

Setiap mahluk hidup disusun oleh protein. Tangan, kaki termasuk mata anda yang anda gunakan untuk membaca tulisan ini, semuanya terbentuk dari protein. Maka dari itu sintetis protein tak mungkin dilepaskan dari keberadaan mahluk hidup. Sintesis protein terjadi jauh didalam sel, dilakukan oleh organel-organel super kecil yang bekerja dengan pengaturan kompleks. Sintesis protein melibatkan DNA, ribosom, Retikulum Endoplasma, badan golgi dan seperangakat enzim.
Namun disini, saya tidak bisa membahas keseluruhan reaksi karena akan membuat tulisan ini sangat panjang dan memusingkan. Saya akan membahas satu dari komponen transkripsi RNA. Transkripsi RNA dapat diibaratkan penulisan surat pemesanan suatu protein. Proses ini terjadi dengan bantuan enzim polymerase, helicase dan enzim-enzim lainnya.
Pada proses transkripsi, enzim polymerase-lah yang berperan sebagai penulis pesan, namun kelemahan dari enzim polymerase adalah ketidakmampuannya dalam memulai proses. Ibarat orang yang sedang tidur harus dibangunkan dengan sebuah alarm, nah dalam hal ini alarmnya disebut primer. Primer umumnya berbentuk untai tunggal basa-basa nitrogen yang panjangnya 18 -22 pasang basa. Primer yang digunakan untuk memulai transkripsi selalu berbeda-beda bergantung dari bagian DNA yang menjadi target.
Primer yang baik harus memenuhi beberapa criteria agar proses trankripsi, kriterianya adalah sebagai berikut :

Panjang Primer, panjang primer yang ideal untuk proses transkripsi berkisar antara 18 – 22 pasang basa. Panjang ini sudah cukup untuk mengahasikan produk yang spesifik.
Konsentrasi basa Guanin dan Cytosin, pada suatu primer konsentrasi basa guanin dan cytosin harus 40% - 60%. Hal tersebut karena basa Guanin dan Cytosin memiliki ikatan hidrogen yang lebih kuat.

Suhu Leleh Primer, suhu leleh yang cocok untuk sebuah primer adalah berkisar 52-58oC. Apabila sebuah primer memiliki suhu leleh dibawah 52oC, maka primer tersebut akan segera hancur ketika melalui tahap pemanasan. Namun apabila suhu leleh terlalu tinggi, primer akan kesulitan menempel dengan untai DNA. Adapun rumus untuk menghitung suhu leleh primer adalah,
Ta = 0.3 x Tm(primer) + 0.7 Tm (product) – 14.9

Pengulangan basa, Sebuah pengulangan basa-ganda sering terjadi dan harus dihindari, maksimal jumlah pengulangan yang dapat ditoleransi berjumlah 4 pasang. Misalnya GCCATATATATGGT. Sedangkan untuk penglangan basa tunggal yang diizinkan adalah 4 basa. Misalnya GACTTTTGCCAA.